İnsan Tarihindeki En Büyük, En İğrenç ve En Trajik Olay sebebiyle dünya "Nihai Umutsuzluk" yüzünden yok olmanın eşiğindedir Bu olayın sebep olduğu kaostan dünyayı korumak amacıyla ise Gelecek Vakfı kurulmuştur. Organizasyonun dünyayı düzeltme çabaları devam ederken Makoto Naegi, Umutsuzluğun Kalıntıları'nı koruma hainliği şüphesi altında bırakılmıştır. Gelecek Vakfı verilecek cezayı kararlaştırmak üzere bir araya gelmişken kendilerini Monokuma'nın tuzağının ortasında bulurlar. Üstelik çeşitli vakitlerde sakinleştirici veren tuhaf bir bilezik de vardır bileklerinde. Görünüşe göre Gelecek Vakfı'nın üyelerini öldürmek için aralarında gerçek bir hain vardır. Sınıf duruşmalarının olmadığı bu oyunda hainden kurtulmanın tek yolu onu bulup öldürmektir. Naegi, öldürdüğün ya da öldüğün nihai ölüm oyunuyla yüz yüze gelmeye zorlanmıştır. Umutları öldüren umutsuzluğun hikayesi başlamıştır bile. (Çeviri: ARE-YOU-SURE)