Dünya 11 yıl önce Büyük Felaket ile yerle bir olmuştur. Antartik buzulları çözülmüş, her yeri sular kaplamıştır. İnsanlar, az sayıda kalan şehirlerde yaşam mücadelesi vermektedirler, ancak buralar da Shadow Angel adında, Antastis'ten kalma bir ırkın tehdidi altındadır. Yönettikleri Mistik Canavarlarla, bu kanatlı ırk, insanlardaki yaşam enerjisinin peşindedirler. Onları durdurabilecek tek güç, kendisi de Atlantis zamanında kalan ve kısa süre önce tekrar gün ışığına çıkarılan bir savaş robotudur: Aquarion Aquarion'u oluşturmak için 3 'vektör makinası'nın birleşmesi gerekmektedir. Bu vektörleri kullanabilecek pilotlar çok özel kişilerdir, bunlarda 'element' denen bir güç vardır. 12,000 yıl önce Atlantis'de Shadow Angel'lar ile savaşan biri vardır: Apollonius, namı diğer Solar Wing. Apollonius'un reenkarne olduğuna inanan ekip, onu bulmaya pilotlarını gönderir. Apollon adında bir genç onun özelliklerini andırmaktadır ancak sırtında kanatlardan iz yoktur. Apollon kendini ve içindeki gücü, mistik canavarlarla ilk karşılaşmalarında gösterecektir.