Jewel Seeds kazayla dünya çapında dağılınca, uzak bir gezegenden olan büyücü Yuuno Scraia yarattığı bu problemi çözmeye çalışır. Bu tohumlardan birini mühürleme girişimlerinden biri başarısızlıkla sonuçlanınca, kendini bir gelincik formunda Dünya'da bulur. Ancak hala tohumları mühürlemesi gerekmektedir ve durumu yüzünden bir başkasının yardımı gerekmektedir.Ortaokul öğrencisi Takamachi Nanoha adlı bir kız ise telepatik olarak Yuuno'nun yardım çağrsını duyarak yanına gelir. Yuuno'dan Raging Heart isimli bir inci alan Nanoha, böylece Magical Girl Lyrical Nanoha'ya dönüşerek elindeki asasıyla tohumların içindeki düşmanlarla savaşacaktır.Nanoha'nın, Yuuno'nun görevinin tamamlanması için 21 Jewel Seed'i de mühürlemesi gerekmektedir ancak görevlerini engellemeye çalışanlar olacaktır.