"Root Academy" adındaki özel bir okula giden ve bulmaca çözmeyi çok seven Kaito, sıra dışı zeka seviyesi sayesinde "Phi Brain"e aday gösterilmiştir. Bir gün arkadaşı Nonoha ile birlikte okulun yakınlarındaki harabelerde bulunan "çözülemez bulmaca"nın başına otururlar. Kaito'ya öğrenci birliği başkanı tarafından verilen cihaz onlara yol gösterecektir.