Hem Advanced Generation hem de ondan önceki Diamond & Pearl serilerinde olduğu gibi, Best Wishes! serisi, Pikachu'su ile Kanto, Johto, Houen ve Sinnoh'dan çok uzakta bulunan Isshu bölgesine giden Satoshi ile başlar. Yeni eğitmen ve rakibi olacak Shooty ve bölgenin Profesörü Araragi ile tanıştıktan sonra, Sanyou Şehri Üç Gym Liderleri olan, Ejderha Pokémon ustası Iris, Pokémon Ehli ve Çim Pokémon'u mütehassısı Dent ile yol arkadaşları olur.